Ônibus não seria tão má idéia, porém o tempo de locomoção de onibus seria muito grande e desconfortavel.
A grande dúvida mesmo ficava entre trem e avião, entrei em vários sites para pesquisar sobre ambos e ouvi muita gente falandoque tremn era roubada, que era perigoso, mas também que era mais conveniente. De avião o maior problema era que os aeroportos ficam distantes das principais cidades e teria que comprar as passagens adiantadas, o que me faria perder a flexibilidade de alterar meu destino ou datas durante a viagem.

O Global Pass caiu como uma mão na roda, porque com ele, eu não precisaria ficar me preocupando com passagens por vários países que estaria passando, e em muitos casos não precisaria nem pegar o ticket na bilheteria, apenas mostrar o global pass. Montei o mochilão pra otimizar o melhor caminho para ir de trem, e claro algumas partes do trajeto fiz de avião, mas deixei apenas para casos que era mais longe e complicado de chegar.
Agora imaginem, a minha única preocupação antes de embarcar era apenas saber qual era o horário de trem para meu próximo destino e caso perdesse esse ou quisesse ficar mais um dia na cidade, sem problema algum. Existem trajetos que deve ser pago valor adicional e tem que ficar atento a isso, sem contar que existem cidades que é necessário você pegar um ticket para embarcar no trem. Então a minha sugestão é ou pesquisar isso com antecedencia ou em cada cidade ou país que você chegar, procurar se informar sobre essas informações, horários, tickets e se é necessário pagar um extra.
Posso dizer que a viagem de trem é muito bonita e compensa muito para trajetos de até 5 - 6 horas de viagem, pois as estações ficam praticamente no centro da cidade e é de facil acesso. O que não acontece com a maioria dos aeroportos utilizados pelas low-fare que ficam a 1 hora de distancia do centro da cidade, dai você calcula que tem que chegar pelo menos 1 hora antes pra fazer o check in e que depois irá demorar mais uma hora para chegar na cidade de destino. Fica a sensação de vantagem pegar o avião, mas quando você coloca na ponta do lápis, muitas vezes não é viável.
O que eu não recomendo é tentar economizar em hostel e dormir no trem. Péssima idéia, não façam isso. Fiz isso em apenas um dos trajetos, muito mais por economia de tempo do que dinheiro. Foi de Viena para Munique, foi uma atitude desesperada para pegar o ultimo dia da oktoberfest, porém chegamos só o caco e a sorte foi que o hostel deixou a gente deitar no jardim pra dar uma relaxada. Detalhe, pegamos assentos normal, porém a sorte é que na nossa cabine que era pra 6 pessoas não tinha mais ninguém, somente eu e o Felipe, então cada um deitou num lado da cabine e ficar um pouco mais confortavel, mas mesmo assim chegamos destruidos na cidade. Mas aproveitamos a oktoberfest isso é o que importa. =D.
Apenas concluindo, pra mim compensou muito utilizar o Interail, além de ter dado mobilidade e flexibilidade com datas e horários ele ainda oferece algumas pequenas vantagens em alguns lugares. Ex: Em Berlin se vc esta com seu Global Pass você não precisa pagar o S-Bahn e em Zurique tem um passeio de barco que se voce apresentar tbm é na faixa =D.